Museon moderni rakennus, jonka arkkitehti PJ Kuypers rakensi vuonna 1885 pseudogoottiikan ja pseudorenesanssin tyyliin, on vuosien varrella ollut paitsi liian ahtaita laajennetuille taidekokoelmille, myös menettänyt sen kerran selkeän rakenteen: sisäpihat rakennettiin 1950-60-luvuilla näyttelyhallien kanssa, uusia rakennuksia lisättiin.
Nyt uuden Rijksmuseum-projektin mukaan epäjärjestyksellinen tilojen labyrintti katoaa: uudesta aulasta kävijät pääsevät puhdistettuihin sisäpihoihin, josta he voivat tutustua museokompleksin sijaintiin sekä sisäänkäyntiin. uusia maanalaisia gallerioita.
Vanhojen rakennusten väliin ilmestyy uusi kivi- ja lasisiipi, jossa näytteille pannaan aasialaisen taiteen kokoelmat. Toinen täysin uusi tila on takapihan koulutuskeskus, johon tulee myös museokirjasto. Molemmat rakennukset on suunniteltu kolmen toisiinsa yhdistetyn "reunuksen" muodossa, mikä antaa niille lähes veistoksellisen luonteen verrattuna 1800-luvun alkuperäiseen rakennukseen.
