Saari tai pikemminkin 90 m korkea Mont Saint-Michelin kallio, jonka ympärysmitta oli 900 m, oli osa mantereita tuhansia vuosia sitten. 5. vuosisadalla jKr. e. maan taso laskeutui, ja 100 vuoden kuluttua se muuttui osaksi maata, jota ympäröi vesi kaikilta puolilta. Vielä 200 vuotta myöhemmin, vuonna 708, perustettiin kappeli ja vuonna 966 - arkkienkeli Miikaelin benediktiiniluostari.
Siitä lähtien kehittynyt merkittävä arkkitehtoninen kokonaisuus on ollut erottamattomasti sidoksissa ainutlaatuiseen luontoon. Ihmeelliset ja ihmisen tekemät täydentivät toisiaan. Mutta merestä laskeutuneet pohjasedimentit muodostivat 1800-luvulta lähtien laajan strandin Mont Saint-Michelin lahdelle, ja nyt 4 km: n sijasta kuuluisa kallio erotetaan mantereesta vain muutamalla kymmenellä metrillä. Muutama vuosi vielä, ja luostaria ympäröivät niityt, jotka olivat täysin "kiinnittyneet" mantereelle.
Yksi syy tällaisen nopean normaalien geologisten prosessien kulkuun on saaren maalla yhdistävän padon rakentaminen 1800-luvulla ja samalla estänyt laskuveden kulkeutumasta takaisin mereen lietettä ja vuoroveden rannalle tuomaa hiekkaa.
Samaan aikaan Normandian rannikolle ilmestyi poldereja - maasta talteenotettuja tontteja, joita käytettiin maatalousmaana. He toivat myös Mont Saint Michelin lähemmäksi kuivaa maata. Couenon-joelta ulos johtavien kanavien rakentaminen, joka vain virtaa lahteen, vaikutti myös sen ja Normandian välisen salmen kuivatukseen. Nykyisen voimansa laski huomattavasti, ja sen myötä kyky kuljettaa pohjasedimenttejä rannikosta avomerelle. Viimeinen tekijä oli pysäköintialueen rakentaminen matkailijoille, jonka pinta-ala oli noin 20 hehtaaria kallion juurelle, tyhjennetylle merenpohjan alueelle.
Nykyinen tilanne on pitkään huolestuttanut tutkijoita ja paikallisia asukkaita. Melkein heti sen padon rakentamisen jälkeen, jonka tie kulkee sen päälle vuonna 1879, kuultiin ensimmäiset mielenosoitukset, ja todellisia hankkeita alkoi ilmestyä 1900-luvun ensimmäisinä vuosikymmeninä. Mutta vasta nyt, kymmenen vuoden aktiivisen tutkimuksen ja testauksen jälkeen, laajamittaiset rakennustyöt ovat alkaneet palauttaa Mont Saint-Michelin saaren asemaan ja säilyttää sen kiinteänä luonnon- ja arkkitehtonisena kokonaisuutena.
Uusi projekti, joka alkoi kesäkuun puolivälissä pääministeri Dominique de Villepinin ja hänen kabinettinsa neljän jäsenen läsnä ollessa, maksaa 164 miljoonaa euroa ja se toteutetaan vaiheittain kuuden vuoden aikana. Se olisi voitu toteuttaa kolmessa vuodessa, mutta silloin Mont Saint Michel olisi ollut suljettu turistien kannalta tuolloin, ja tämä ei ole toivottavaa paikallisille viranomaisille.
Ensimmäinen vaihe on paton rakentaminen Couenon-joelle, mikä lisää sen virran voimakkuutta, ja se pesee sedimentit Mont Saint-Michelin lahden pohjalta ja lisää siten sen syvyyttä.
Sitten saaren ja mantereen väliseltä moottoritieltä oleva nykyinen pato puretaan ja korvataan uudella rakenteella, jonka pääosa on 1 km pitkä kävelysilta. Se tarkoittaa myös, että autot kielletään saarella, mukaan lukien 65 paikallista asukasta, ja pysäköinti kallion juurella tuhoutuu. Silta ei estä laskuveden nousua, joka kuljettaa hiekkaa takaisin mereen, mikä pitää Mont Saint-Michelin ja Normandian rannikon välisen salmen niin kauan kuin mahdollista (vaikka luonnollinen mataluuden prosessi rannikolla ei periaatteessa ole mahdollista pysäytetty).
