Hanke alkoi vuonna 2001: Vuonna 1999 valvonta Panaman kanavasta siirrettiin Yhdysvalloista Panaman viranomaisille, ja samalla herätti kysymys viereisten alueiden uudesta käytöstä. Yksi osioista - jota aiemmin käytti amerikkalainen lentotukikohta - osoitettiin museolle. Rakentaminen aloitettiin vuonna 2006, mutta vasta lokakuun alussa Biomuseo avattiin yleisölle - vaikkakaan ei vielä täysin: useat salit ja akvaario valmistuvat vasta talvella 2016.
Värikkään alumiinikatonsa ansiosta museon tulisi muistuttaa Panaman vilkasta luonnetta, paikallisten mökkien metallikattoa ja kanavan infrastruktuurin historiallisia rakenteita. Lahteen ulkonevalla kapealla niemimaalla sijaitseva rakennus on näkyvissä kaukaa ja voi itse tarjota vierailijoilleen panoraamanäkymät kaupunkiin ja Tyynenmeren "suuhun" Panaman kanavalle.
Paikallisten lempinimellä "museo, joka ei koskaan valmistu", rakentamisen kesto selittyy muun muassa paikallisten rakentajien matalalla pätevyydellä. Lattian ja seinien karkea betoni oli kaadettava uudelleen monta kertaa, ja katto 6 mm: n toleransseilla aiheutti myös paljon vaikeuksia.
Nyt museo ei kuitenkaan ole vain rakennettu onnistuneesti, vaan se on melkein kokonaan täytetty Bruce Mau: n suunnittelemalla näyttelyllä "Elämän silta". Washingtonin Smithsonian-instituutio vastasi projektin tieteellisestä puolesta, ja Biomuseosta tuli sen ainoa kumppanimuseo Yhdysvaltojen ulkopuolella.
Museo on omistettu Panaman kannaksen hämmästyttävälle luonnon monimuotoisuudelle: 75 000 km2: n pinta-alallaan siellä asuu enemmän lintulajeja, nisäkkäitä, matelijoita ja kasveja kuin Yhdysvalloissa ja Kanadassa yhteensä. Lisäksi näyttely kertoo yksityiskohtaisesti kannaksen muodostumisprosessista, joka alkoi 12 miljoonaa vuotta sitten ja päättyi 3 miljoonaa vuotta sitten. Sen ulkonäkö muutti ekosysteemejä ja ilmastoa planeetan mittakaavassa: Yhden valtameren sijasta syntyi hyvin erilainen Atlantti ja Tyynenmeren alue, Persianlahden virta "alkoi" nousevalta Karibianmereltä, ja Pohjois- ja Etelä-Amerikka yhdistyivät ensimmäistä kertaa 70 miljoonaan vuotta. Eläinten aktiivinen muuttoliike alkoi kannaksen varrella, ja suhteellisen äskettäin, 15 000 vuotta sitten, ensimmäiset ihmiset kulkivat tämän reitin pohjoisesta etelään.
Biomuseo, joka maksaa 95 miljoonaa dollaria (lukuun ottamatta vielä keskeneräisten näyttelytilojen kustannuksia), on suunniteltu ensisijaisesti koululaisille (siellä on tarkoitus tuoda 40 000 opiskelijaa vuodessa ilmaisiin retkiin) ja matkailijoille, koska risteilyalusten terminaali on erittäin lähellä. Ihannetapauksessa viranomaiset odottavat "Bilbaon vaikutusta" museolta. Heidän suunnitelmansa mukaan siitä tulisi tulla sama Panaman kaupungin ja Panaman maan symboli, josta Utsonin oopperatalosta tuli Sydney ja Australia.
