Arkkitehdit lisäsivät rakennuksensa Mario Bottan rakennukseen, joka rakennettiin vuonna 1995, kun taas uusien ja vanhojen rakennusten sisätilat yhdistetään. Muutokset, jotka vaikuttivat yhteen Bottan kuuluisimmista teoksista, aiheuttivat vastakkaisia reaktioita. Esimerkiksi Snøhettan toimisto korvasi "ikonisen" pyöreän tornin portaikon omalla mielestään, mikä ei estänyt auringonsäteiden pääsyä sisätiloihin tornin täydentävän "oculuksen" kautta - minkä edeltäjänsä teki.
Museon johto ja jälleenrakennuksen arkkitehdit eivät kuitenkaan keskity tekijänoikeuskysymyksiin, keskeisten nykyaikaisten rakennusten pitämiseen ehjinä jne. He asettivat eturintamaan sekä SFMOMAn pinta-alan kasvun yli kaksi kertaa, jopa 42,7 tuhanteen m2, että museon läheisemmän yhteyden kaupunkiin. Nyt pääset sinne useista pisteistä kerralla, ja alemmilla tasoilla on tilavia auloja, joihin pääsee sisään ostamatta lippua, vaikka esillä onkin taideteoksia. Tämän siirron sekä 18-vuotiaiden ja sitä nuorempien kävijöiden ilmaisen pääsyn on tarkoitus houkutella SFMOMAan niitä yleisöjä, jotka eivät yleensä ole kiinnostuneita nykytaiteesta tai museoista yleensä.
Museoympäristön laadun parantamiseksi ovat myös avoimet terassit, joissa on veistoksia ja katseluterasseja, Yhdysvaltojen suurin julkinen vihreä seinä (19 000 kasvia, tyypillisesti Kalifornian metsille), aulassa vaahterapuulla päällystetty amfiteatteriportaikko, joka pitäisi tulla suosittu paikka tapaamisia ja kaupunkilaisten viestintää, samoin kuin julkisivu - 700 paneelia lasikuituvahvisteisesta polymeeristä. Tämä verhoseinä on tämän materiaalin suurin Yhdysvalloissa, aiemmin he eivät uskaltaneet käyttää tällaisia paneeleita 4 kerroksen yläpuolella. Valkoiset kohokuvioidut julkisivut ovat innoittamana San Franciscon lahden aaltoja ja sumuja.
Rakennus väittää olevansa LEED Gold. Sen ekologisiin komponentteihin kuuluu kaikki LED-valaistusjärjestelmä (jonka avulla kuraattorit voivat myös hienosäätää valoa), vihreä seinä jäähdyttää ja puhdistaa ilmaa sisätiloissa, korkean suorituskyvyn ensimmäisen kerroksen lasitus (yksilöllisesti valmistetut ohuet teräsprofiilit tehtaalla valmistetut alumiinit eivät varjosta sisätiloja, kun taas lasisuoja suojaa sitä ylikuumenemiselta, erityinen pinnoite säästää ultraviolettisäteilyltä, ilmarako palvelee lämpöeristystä jne.), "puutarhurin" tietokone vihreälle seinälle (anturit seuraavat kosteutta, ravinteiden määrää, happamuutta, kun taas vettä säästetään tiukasti kuivuuden kärsimän Kalifornian lakien mukaisesti). Melutaso on myös tarjolla: katot on peitetty ääntä vaimentavalla rappauksella lisäämällä lasilastuja, portaiden puupaneelit on varustettu rei'illä ja urilla, joilla on sama tehtävä.
