Uudistushanketta sponsoroivat espanjalaiset Cruz y Ortiz, näyttelyn suunnitteli Jean-Michel Wilmotte ja kunnostustyön toteutti Van Hoogevest Architecten. Arkkitehtien tehtävänä oli sovittaa Petrus (Pierre) Kuypersin vuonna 1885 rakentaman, eklektismin valtavirtaan rakennetun suuren rakennuksen 2000-luvun museon tarpeisiin. Rehelliset sisätilat häiritsivät huomiota näyttelyistä, tilaa ei ollut tarpeeksi molemmille näyttelyille ja oheisohjelmalle, pysyvää näyttelyä oli mahdotonta järjestää yhden järjestelmän mukaisesti jne.
Nyt kaikki näyttelyt 1200-luvulta 1900-luvulle on järjestetty tiukassa kronologisessa järjestyksessä kerroksittain alhaalta ylöspäin, ja aikajärjestystä tukee värimaailma: seinien maali kirkastuu vähitellen ylöspäin siirtyessään melkein valkoinen modernin taiteen salissa. Samalla kaikki teokset järjestettiin uudella tavalla, lukuun ottamatta tärkeintä - Rembrandtin "Yövartio", joka palasi entiselle paikalleen "Kunniagalleriassa", jossa kultaisen teokset Hollantilaisen taiteen ikä on esillä.
Arkkitehdit estivät museorakentamisessa jo vakiintuneen suunnitelman mukaisesti kaksi rakennuksen sisäpihaa, joissa oli lasikatto, ja myös syvensivät niitä -1-kerroksen tasolle poistamalla aikaisemmin myöhemmät laajennukset, jotka miehittivät ne. Sitten he sijoittivat auditorion yhden sisäpihan alle ja museokaupan ja kahvilan toisen alle. Pihat itse ovat muuttuneet tilaviksi julkisiksi tiloiksi, joihin pääsee jopa lippua ostamatta. Niiden seinät muodostavat museon sisäpihan julkisivut, ja uudet pinnat ovat vaalean kivisen päällysteen alla. Antonio Cruz ja Antonio Ortiz ottivat huomioon Norman Fosterin virheen, jonka British Museumin sisäpihalla kaikki äänet ovat selvästi kuultavissa ja jopa kaikuvat, joten Rijksmuseumissa äänet vaimennetaan valkoisilla ritilöillä, joissa kattoon ripustettu ääntä vaimentava materiaali..
Mutta suurin ongelma arkkitehdeille oli kahden pihan yhdistäminen yhdeksi kokonaisuudeksi. Historiallisessa rakennuksessa on jalankulkijoiden ja pyöräilijöiden käytävä julkisivun keskellä, mikä mahdollistaa nopean kulun rakennuksen läpi. Jälleenrakennusprojektissa oli tarkoitus tehdä siitä museon pääsisäänkäynti, joka yhdistää molemmat pihat, mutta kaupunkilaiset kapinoivat, ja nyt käytävä on säilynyt alkuperäisessä muodossaan, museoon pääsee neljän pienen sisäänkäynnin kautta, ja maanalainen käytävä rakennettiin sen alla, yhdistämällä pihat toisiinsa.
Museo suljettiin jälleenrakennusta varten vuonna 2003 ja sen oli tarkoitus avautua jo vuonna 2008. Kymmenen vuoden jakso selittyy sillä, että titaanisia ponnisteluja oli tehtävä maanalaisten tasojen rakentamiseksi Amsterdamin vesitäyttöiseen maaperään, ja niin monimutkaiselle hankkeelle ei ollut urakoitsijaa. Arcadis-insinöörit tekivät rakennuksen uusista maanalaisista osista rakenteellisesti riippumattoman historiallisesta rakenteesta, kun se hitaasti raukeaa. Siksi maanalainen käytävä ja "Kunniagalleria", joka sijaitsee pihojen välisen maanalaisen käytävän yläpuolella, on nyt muutettu sen yli roikkuvaksi "sillaksi". Kaivetut kaivokset täytettiin välittömästi vedellä, joten ne kaadettiin erityisellä betonilla vedenalaista työtä varten, ja sukeltajat hallitsivat prosessia.
Hankkeen budjetti oli 375 miljoonaa euroa, mutta se sisältää myös erillisen aasialaisen taiteen paviljongin rakentamisen lampin keskelle, puiston mukauttamisen veistospuutarhaan Copijn Landschapsarchitecten -hankkeen avulla (14 500 m2)., palvelusisäänkäynnin rakentaminen, historiallisen Piirustuskoulun (Teekenschool) jälleenrakentaminen museokoulutuskeskukseksi sekä Rijksmuseumin lähellä sijaitsevan museopajarakennuksen rakentaminen yhdistettiin toiseen Kuypers-rakennukseen - entiseen Työsuojelu ja terveys.
Mutta museon kunnostustöitä ei ole vielä saatu päätökseen: se oli avoinna jälleenrakennuksen ajan
Philips-siipi muutetaan nyt moderniksi väliaikaiseksi näyttelytilaksi. Projektin tekijät ovat myös Cruz y Ortiz.
